В одном из живописнейших мест Крыма, неподалеку от Севастополя, на берегу реки Черной, впадающей в знаменитую Ахтиарскую бухту, где родился российский Черноморский флот; на месте древнего карьера, где мучили первых христиан, под сенью средневековой крепости Каламита находится Инкерманский мужской монастырь, носящий священномученика Климента, папы Римского. Место это тесно связано с истоками христианства.
Сюда в 96 г. от Р.Х. за распространение Христианства по повелению римского императора Траяна был сослан святой Климент, епископ Римский, ученик апостола Петра.
В одной из пещер, находившихся рядом с каменоломнями, святой Климент собственноручно вырубил небольшую пещеру, устроив храм, которому церковное Предание усвоило имя святого апостола Андрея Первозванного — благовестника и просветителя Тавриды, куда на молитвы стекались все христиане, мучимые в каменоломнях. В связи с тем, что в этой местности не было воды и люди сильно страдали от жажды, святой, будучи очень милостивым и человеколюбивым по натуре, о чем свидетельствует даже его имя, полученное во святом крещении, которое над ним совершил апостол Петр (Климент означает «милостивый»), провел много часов в молитве ко Господу, и был услышан. Владыка Неба и Земли указал ему место в нескольких сотнях метров от пещерного храма, где угодник Божий вместе с другими узниками и сторожившими их воинами обрел полноводный источник целебной воды. Источник действовал вплоть до 80-х годов ХХ века и был уничтожен в ходе варварской деятельности соседнего карьера. Но милостию Божией вода, изведенная из недр земли молитвой святого, пробилась сквозь толщу скалы, и воды источника заполнили карьер, образовав озеро с чистейшей водой.
Слух об успешной миссионерской деятельности святого в Херсонесе дошел до императора Траяна, и он отдал приказ утопить в море св. Климента, привязав его к якорю. Мученическая кончина святого последовала 8 декабря 101 года.
В VI в. по повелению императора Юстиниана сверху на монастырской скале была построена крепость Каламита, что в переводе означает «хорошее место». В инкерманские каменоломни в VII в. был сослан за исповедание Православной веры Римский Папа Мартин, где был уморен голодом и тяжелыми работами.
В VIII–IX вв. в эти места бежали от иконоборцев монахи-иконопочитатели. В скалах вокруг древних храмов, связанных с именами святого Климента и святого Мартина, начали вырубать новые кельи и храмы.
Существовавший на этом месте много веков монастырь был разрушен в 1475 году, в связи с захватом турками Крыма.
Восстанавливаться Инкерманский монастырь начал в 1784 году, уже после присоединения Крыма к России. Усердием святителя Иннокентия (Борисова), архиепископа Херсонского древняя церковь во имя св. Климента, высеченная в скале, стала первым действующим храмом обители. Храм в своих основных чертах повторял архитектуру наземных византийских церквей.
Начавшаяся Крымская война помешала полному восстановлению обители. Монастырь оказался в центре ужасных событий — рядом с ним в 1854 г. произошла Инкерманская битва, называемая современниками «Голгофой русской армии». В ходе семичасового боя здесь погибли и были ранены тысячи людей. Пострадала и древняя пещерная церковь — новый иконостас и дверь были пробиты пулями, а в одной из стен засело ядро.
После войны, в 1867 г. в пещерах был устроен второй храм во имя св. Мартина, Папы Римского, на месте более раннего, в стенах и полу которого в древности были высечены гробницы.
В 1907 г. на Инкерманской скале в память о Крымской войне был построен большой Николаевский собор. В канун революции 1917 года в монастыре действовало 13 церквей, из которых 7 — пещерных.
В 1923 г. монастырь был закрыт, а монахи проживали у пещерного скита в честь иконы «Всех скорбящих радосте» на другой стороне Черной речки.
С 1926 года власти стали закрывать церкви в Инкерманском монастыре. Пещерный комплекс был передан музею. Во время обороны Севастополя 1941–42 гг. были разрушены многие наземные постройки монастыря, пещерные же храмы уцелели. Тогда же в монастырских пещерах располагался штаб 25-й Чапаевской стрелковой дивизии.
Обитель снова открылась в 1992 г. В древней церкви вновь совершаются богослужения, восстановлен дом настоятеля и братский корпус, приведено в порядок кладбище. И сегодня можно увидеть высеченный средневековыми монахами в толще скального массива коридор-тоннель, ведущий к трем древним пещерным храмам: св. Мартина исповедника, св. апостола Андрея Первозванного, и главному монастырскому храму-базилике, носящему имя священномученика Климента.
В монастыре в особой раке хранится часть честной главы священномученика Климента, переданная из Киево-Печерской лавры.
